航运工程学院成立于2025年6月，其前身为始建于2006年的水运工程系，2018年更名为“航海系”，2008年通过国家海事局审核验收，获得船员教育和培训许可证书及质量管理体系证书，获批18项海船和内河船员培训资质，是长三角自主就业退役士兵跨省异地职业技能培训承训机构、安徽省退役军人教育培训基地、安徽省唯一船员高等职业教育基地。

学院目前开设航海技术、轮机工程技术、港口机械与智能控制、港口与航运管理四个专业，且这四个专业均为全省唯一。其中航海技术专业为中国武警部队定向培养海警士官专业、中央财政支持重点建设专业、安徽省特色专业；轮机工程技术专业连续多年承担全国职业技能大赛船舶主机与轴系安装赛项安徽省赛并蝉联一等奖。 学院现有教职工45人，省级教学创新团队3个，专任教师中博士2人，副高级以上职称10人，甲类远洋船长6名，轮机长4人（含高级轮机长1人），省级教学名师1人，省级教坛新秀2人，具有海船适任证书教师占比90%以上，双师型教师占比95%以上。校内建有23个实训室，校外建有15个生产性实训基地，拥有安徽省示范性虚拟仿真实训基地1个，轮机工程实训中心是安徽省特色实训中心。

多年来，学院始终以培养复合型、创新型、发展型国际化航海人才为根本目标，持续创新人才培养模式，着力构建校企产教融合共同体，与中国远洋海运集团、上海中船船舶管理公司、上海首航船舶管理公司、武汉怡东船舶管理公司等企业联合开展现代学徒制订单班人才培养。相关成果获省级教学成果特等奖1项、二等奖3项、三等奖6项。学生参加全国职业院校技能大赛《船舶主机与轴系安装》赛项荣获三等奖2项，在安徽省职业院校技能大赛中获得一等奖10余项。学院毕业生持续保持高就业需求状态，专业对口就业率稳定维持在96%及以上，众多毕业生已发展为国内外远洋运输事业的中坚力量，积极服务我国"交通强国"与"海洋强国"战略建设。